金代医事制度沿袭宋制而有所改革，其中合并翰林医官院与太医局，设置太医院。“太医院”名称始于金代。元代太医院为独立的最高医事机构，负责宫廷医药，行政长官正二品，较宋代从六品、金代正五品明显提高。太医院制度为明清两代所继承，并形成具有特色的宫廷医学。

【主要参考资料】《中国医学通史》P401

继承唐代遗风，元代三皇庙亦祭祀圣人帝王伏羲、神农、黄帝，但元代的三皇主要被视为医学之神，黄帝臣俞跗以下十人，从祀两庑，体现政府优待以医家为首的技术者。其风从京城到各州县，波及民间，反映出社会对医生仁心仁术的尊崇。明太医沿袭其制，于每年3月3日通祭三皇，句芒、祝融、风后、力牧左右配祭，十大名医从祭，东厢殿从祭的有僦贷季、岐伯、伯高、鬼庚区、俞跗、少师、桐君、雷公、马师皇、伊尹、扁鹊、淳于意、张机，西厢殿则有华佗、王叔和、少俞、皇甫谧、葛洪、巢元方、孙思邈、韦慈藏、王冰、钱乙、朱肱、李杲、刘完素、张元素、朱彦修。后世有所沿袭，影响久远。

【主要参考资料】《中国医学通史》P？元、484明

  

医学自《周礼》分为疾医、疡医、食医、兽医4科之后，经隋唐太医署分5科、金代分10科，至元代已分为13科：大方脉、杂医科、小方脉、风科、产科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科、金疮肿科、针灸科、祝由科、禁科。后世虽时有撤并，但基本架构保持不变，分科合理有利于学科进步。

【主要参考资料】《中国医学通史》P402

    金元时期战事频仍，社会动荡，疾病流行，用原有的理论方法已不能很好地解决问题，以刘完素、张从正、李杲、朱震亨为代表的“金元四家”和易水的张元素为主，创立新学说，形成学派，展开学术争鸣，标志着中医学术思想已经发展到一个新的阶段。刘完素（1110-1200），字守真，金代河间（今河北河间）人，后称尊称刘河间，撰《素问玄机原病式》《宣明论方》等，倡导火热学说，治用寒凉法，创双解散、益元散等。传人的穆子昭、荆山浮屠、马宗素等，私淑者有张从正、葛雍等。张从正（1156-1228），字子和，自称戴人，金代睢州考城（今河南兰考）人，撰《儒门事亲》，主张祛邪以扶正，倡用攻邪法，以汗、吐、下法为主，传人有麻知几、常仲明等。李杲（1180-1251），字明之，号东垣，金代真定（今河北正定）人，撰《内外伤辨惑论》《脾胃论》《兰室秘藏》等，创脾胃学说，倡用补土法，甘温除大热，创补中益气汤、升阳除湿汤等，传人有罗天益等。朱震亨（1281-1358），字彦修，人称丹溪翁，元代金华（今浙江义乌）人，撰《格致余论》《局方发挥》等，创“阳常有余，阴常不足”“相火论”学说，倡用滋阴法，善治诸郁。震亨师承罗知悌。罗氏师承荆山浮屠，旁通张从正、李杲之学，乃刘河间再传弟子。传人有戴原礼、王履等。丹溪学派对后世乃至国外都有较大影响，如日本曾成立丹溪学社。河间主火论与丹溪滋阴说对温病学说的形成有重大影响。张元素（1131？-1234？），字洁古，金代易水（今河北易县）人，受刘完素思想启发但学说主张不同，两大流派相互争鸣，相互促进，最终带来整个金元医学的繁荣。撰《医学启源》《脏腑标本寒热虚实用药式》等，为易水学派创始人，倡脏腑辨证学说，创立较为系统的药性理论，包括性味学说、阴阳厚薄学说、升降学说、归经、引经报使学说等，重视胃气，传人有李杲、王好古等。金元诸学派在中国医学史上产生深远的影响。

【主要参考资料】《中国医学通史》P405、469-472、476，《中国医学百科全书·医学史》P81