1912年11月，北洋政府教育部《中华民国教育新法令》未将中医列入“医药学教育规程”，这就是史上著名的“漏列中医”事件。上海神州医药总会会长余伯陶等首先提出抗议，并在一年内联合19个省市的中医药同仁，组织“医药救亡请愿团”，掀开近代史上中医抗争的第一幕。迫于舆论压力，教育部、国务院复文：无意废弃中医，准许中医学校开办。随后，上海、浙江中医专门学校（1917年）、广东中医药专门学校（1924年）等相继成立，但中医加入学制却被“暂从缓议”，中医学校只能在内务部而不是在教育部立案，因而中医并未真正加入学制。学制外中医学校毕业生，不能获得合法的执业资格。

【主要参考资料】《百年中医史》

1929年2月，南京政府卫生部召开第一届中央卫生委员会议，通过余云岫提出的《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》，即近代中医史上著名的“废止中医案”。同时余氏另拟《请明令废止旧医学校》送呈教育部，要求“明令禁其传习，废其学校”。此案一经公布，全国舆论哗然，各地中医药团体及报社、商会纷纷致电南京政府，表示强烈反对。随后成立全国医药团体代表大会，推选代表赴京请愿。3月，代表们分别向国民党第三次全代会、国民政府、行政院、立法院等请愿。最终迫使“废止中医案”未予实行。

【主要参考资料】《百年中医史》

民国时期，在西学东渐和日本明治维新废除汉医成功的影响下，政府限制中医，甚至听任废止中医，致使中医教育被摒弃于官方学制之外。中医教育合法化直接影响中医执业的合法化，成为中医界图存与发展的命脉所在，为此中医药界进行了长达30余年的抗争。1929年8月，教育部第949号部令取缔中医学校，禁止各校招生。教育部、卫生部主张将中医学校改为学社、传习所，不列入学制。1946年2月，国民政府教育部指令上海市教育局取缔上海中医学院及新中国医学院。同年6月，南京政府卫生署命令各地卫生局，规定中医不得再称医师，公然否定1943年公布的《医师法》。1947年11月，上海不准各中医学校毕业生参加中医特种考试，使中医教育再受重创。

【主要参考资料】《百年中医史》

1930年5月，国民党中央执行委员会举行第226次中央政治会议，通过全国医药团体总联合会关于设立中央国医馆的提案。1931年3月17日，中央国医馆在南京正式成立。4月17日，国府第813号令宣布焦易堂等47人为理事，徐相任等25人为候补理事。5月3日，理事会召开全体大会，推选陈立夫为理事长（陈后因政务繁忙请辞，由彭养光代理理事长一职），彭养光等10人为常务理事，并推举焦易堂为馆长，陈郁、施今墨为副馆长。8月31日，国府批准《中央国医馆组织章程》及《中央国医馆各省市国医分馆组织大纲》，确立了“以采用科学方式整理中国医药，改善疗病及制药方法为宗旨”。设馆长1人，总理事务；副馆长2人，辅助馆长处理馆务。下设秘书处、医学处、药学处及推行处，并聘请全国医药名家组成了数种委员会。中央国医馆业务活动主要有学术整理、处方鉴定、图书出版、药物调查、筹办医院与战时救护等。作为南京国民政府时期的官方中医机构，中央国医馆虽无行政权力，但亦在推动中医发展方面发挥了积极作用。

【主要参考资料】《百年中医史》