面对严峻挑战，中医界有识之士从学理、医理上进行反驳、抗争。恽铁樵在《论医集·对于统一病名建议书之商榷》中明确指出：“天下之真是原只有一个，但究此真是之方法则殊途同归，方法却不是一个。……西方科学不是学术唯一之途径，东方医术自有立脚点”。中医阴阳五行学说尤其是五行最受当时科学人士的抨击。对此恽铁樵慧眼独具，指出“《内经》认定人类生老病死，皆受四时寒暑之支配，故以四时为全书之总骨干”，“《内经》言五行配以五脏，其本源本于天之四时”，提出“四时之五脏”（《群经见智录》）的观点，认为五行是四时的代名词，不过是用来演说四时之变化，在方法论上中医自有立脚点，阐释了中医朴素辨证的认知思维，对责难中医的人们以强有力的回击。

杨则民著《内经之哲学的检讨》，认为“中西医之不同，不在生理、解剖、病理、实验，而在整个之思想系统上矣”。“中医之思想方法，为《内经》之辩证法，而外医则为近世之机械论的方法，二者绝不相同也。”指出，《内经》的“最高理论为阴阳五行、生长收藏与调节，而以辩证法叙述之。故欲研究而理解其内含之精义，自以辩证法为最正确之途径。”认为《内经》的方法论（最高理论）是辩证法，只有站在哲学的高度才能认识到它的真正价值。

陆士谔认为“凡是一种学术，必有其根据地，必有其立脚点”（《士谔医话》）。时逸人认为中医的特长在于“运用虚实寒热等为辨证之方针，选用历古相传之经验良方，尤注意于人体自然之机能，以及风土气候之变迁，方药之配合加减等”。辨证论治为中医立脚点已跃然纸上（研究中国医学的几个信条）。

【主要参考资料】《百年中医史》

《中国医学史》是我国近代第一部医学通史。作者陈邦贤（1889—1976），字冶愚，江苏镇江人，师从丁福保先生，为中国医史学的开拓者。陈氏有感于“世界医学昌明之国，莫不有医学史、疾病史、医学经验史、实用批判史等”，而“吾国为数千年之医学，岂区区传记遽足以存掌故资考证乎哉”，遂“发愤编辑中国医学史”（《中国医学史》），于1912年着手编写，其文章片段刊于《中西医学报》，1919年完稿，1920年由上海医学书局刊刻行世，是为第一版。1914年，陈氏倡建了我国史上第一个“医史研究会”，邀众同道集思广益，修改补充，经修订后的第二版于1937年被商务印书馆收入《中国文化史丛书》，并由山本成之助译成日文在东京出版发行。全书约二十万字，共五篇十二章，依时间次序论述了上古、中古、近世及近代医学发展概况，并撰有疾病史专篇，书末附录中国历代医学大事年表。伍连德称其为“空前之杰作矣”。本书内容丰富，为后人留下了许多珍贵的史料，亦为中国医史的系统研究提供了可行路径。

【主要参考资料】《中国医学通史》近代卷P111，《百年中医史》，《中国中医药学术语集成 中医文献 上》P118

《中风斠诠》为张山雷在研读张世骧（字伯龙）《类中秘旨》的基础上加以发挥所撰写的论述中风病的专著，成书于1917年。作者张山雷（1873—1934），名寿颐，江苏省嘉定县（今上海市）人，从学于朱阆仙先生门下，并在其师创办的黄墙朱氏私立中国医药学校（1914—1916）从事教务主任工作，编写各科教材。后到上海市行医，执教于神州医药专科学校，本书即作为授课讲义铅印成册。张氏后又于兰溪中医学校担任教务主任，在中医临床与教育方面均取得了较大成就。全书共三卷，卷一为中风总论，卷二为内风暴动的脉因证治，卷三为古方平议。本书对中风病的研究深入详尽，重视识病，主张“类中”之名不如径作“内风”。张氏虽推崇伯龙之论，但亦能指出其所失，如用镇肝滋肾之法当分次序，主张以“潜镇摄纳”为治疗原则，其“猝暴昏仆，皆是肝阳上升，气血奔涌”的理论为当时中医诊治中风病提供了更开阔的思路。

【主要参考资料】《中国医学通史》近代卷P29、282，《百年中医史》，《中医历代名家学术研究丛书 张山雷》P15

《中国针灸治疗学》初版于1931年，因其深受读者欢迎，作者多次予以修订再版，不断丰富其内容，更名为《增订中国针灸治疗学》，至1937年已连出8版，为近百年来影响最大的针灸专著。作者承淡安（1899—1957），幼承家学，尤精针灸，先后行医于苏州、望亭、无锡等地，有感于针灸一科，简捷万能而不被医家所重，日益衰落，当提倡之，遂编纂此书，并发起成立针灸研究社，兴办《针灸杂志》，应者颇多。全书（第8版）为承氏“收集各书，参以心得，益以最新生理，互为考证，删繁节要”而成，分为“总论”“经穴”“手术”（刺灸操作）“治疗”四篇，初步奠定了民国早期针灸学科体系的基础，为精确指示穴位，采用西医解剖部位与点穴后的人体照片结合展现，较之绘图更为真实。王逸桥称之为“针灸善本，学医之宝阀”，孙晏如赞之“以哲学之脑力，科学之眼光，将四千余年之国粹条分缕析，纲举目张，至于经穴之准确，补泻之精详，非于此三折肱者不足道及也。从此后学得南针，医界又添辅助行书”。

【主要参考资料】《中国医学通史》近代卷P54、56，《百年中医史》